How to Cite
摘要
С использованием технологии ДНК чипов Infinium HumanMethylation450 BeadChips был проанализирован количественный статус метилирования ДНК в 12 парных образцах аденокарциномы предстательной железы и морфологически неизмененной ткани. Анализ дифференциально метилированных регионов генома показал ассоциацию с патологическим статусом для 21610 гиперметилированных и 3852 гипометилированных CpG сайтов. Доминирование в опухолевом геноме гиперметилированных сайтов и их преимущественная локализация в регуляторных областях генов свидетельствуют об их вероятной роли в реализации механизмов генной супрессии в патогенезе рака предстательной железы (РПЖ). Для 14 генов в исследованном массиве были охарактеризованы максимальные показатели гиперметилирования в промоторной области (>50% CpG сайтов) в сочетании с высокими различиями в уровне метилирования между клиническими группами (>40%). Роль гиперметилирования в некоторых из них: AOX1, KLF8, ZNF154, TMEM106A в патогенезе РПЖ уже была показана ранее. Для оценки диагностического потенциала эпигенетических маркеров РПЖ была проведена непредвзятая селекция отдельных CpG сайтов, наиболее достоверно дискриминирующих опухолевые образцы от группы неопухолевых образцов. В отобранную диагностическую модель, основанную на логистической регрессии, вошло 9 CpG сайтов. Валидация модели была осуществлена на независимом массиве данных по метилированию 40 парных образцов РПЖ из проекта Атлас Ракового Генома (TCGA), проанализированных на такой же версии ДНК чипа. Полученные после валидации суммарные показатели диагностической информативности модели (специфичность 95%, чувствительность 97%, площадь под характе ристической кривой диагностического теста (ROC) - 0,96) позволяют рассматривать эти CpG cайты в качестве потенциальных маркеров для молекулярной диагностики РПЖ.参考
Аполихин О.И., Сивков А.В., Бешлиев Д.А. и др. Анализ уронефрологической заболеваемости в РФ по данным официальной статистики // Эксперимент. и клин. урология. - 2010. - № 1. - С. 4-12.
Лопаткин Н.А., Максимов В.А., Ходырева Л.А., Давыдова Е.Н. Оптимизация ранней диагностики заболеваний предстательной железы в условиях мегаполиса // Урология. - 2009.- № 5. -С. 50-54.
Чиссов В.И., Русаков И.Г Заболеваемость раком предстательной железы в Российской Федерации // Экспериментальная и клиническая урология. - 2011. - № 2-3. - С. 6-7.
Arai Е., Chiku S., Mori T., Gotoh M. et al. Single-CpG-resolution methylome analysis identifies clinicopathologically aggressive CpG island methylator phenotype clear cell renal cell carcinomas // Carcinogenesis. - 2012. - Vol. 33. - P 1487-1493.
Bapat S.A., Krishnan A., Ghanate A.D. et al. Gene expression: protein interaction systems network mo deling identifies transformation associated molecules and pathwaysin ovarian cancer // Cancer Res. - 2010. - Vol. 70 (12). - P. 4809-4819.
Behbahani Т.Е., Kahl P, von der Gathen J. et al. Alterations of global histone H4K20 methylation during prostate carcinogenesis // BMC Urol. - 2012. - Vol. 13. - P. 12-15.
Belinsky S.A., Baylin S.B., Herman J.G., Brock M.V. Functional identification of cancer-specific methylation of CD01, HOXA9, and TAC1 for the diagnosis of lung cancer // Clin Cancer Res. - 2014. - Vol. 20. - P 1856-1864.
Borno S.T., Fischer A., Kerick M. et al. Schweiger MR. Genome-wide DNA methylation events in TMPRSS2^RG fusion-negative prostate cancers implicate an Е7Н2-dependent mechanism with miR-26a hypermethylation // Cancer Discov 2012. - Vol. 2. - P. 1024-1035.
Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization of squamous cell lung cancers // Nature. - 2012. - Vol. 489. - P. 519-525.
Davis, S., Du P, Bilke, S., Triche, T., Bootwalla, M. (2013) Methylumi: Handle Illumina methylation data (R package version 2.6.1).
Decock A., Ongenaert M., Hoebeeck J. et al. Genome-wide promoter methylation analysis in neuroblastoma identifies prognostic methylation biomarkers // Genome Biol. - 2012. -Vol. 13 (10). - P 95.
Devaney J.M., Wang S., Funda S. et al. Identificationof novel DNA-methylated genes that relate with human prostate cancer and high-grade prostatic intraepithelial neoplasia // Prostate Cancer Prostatic Dis. - 2013. - Vol.16. - P. 292-300.
Ellinger J., Kahl P., von der Gathen J. et al. Global levels of histone modifications predict prostate cancer recurrence // Prostate. - 2010. - Vol. 70 (1). - P. 61-69.
Falcon S., Gentleman R. Using GOstats to test gene lists for GO term association // Bioinformatics. - 2007. - Vol. 23 (2). - P. 257-258.
Flegel C., Manteniotis S., Osthold S. et al. Еxpression profile of ectopic olfactory receptors determined by deep sequencing // PLoS One. 2013. - Vol. 8 (2). - P. 55368.
Haldrup C., Mundbjerg K., Vestergaard Е.M. et al. Sorensen KD. DNA methylation signatures for prediction of biochemical recurrence after radical prostatectomy of clinically localized prostate cancer // J. Clin. Oncol. -2013. - Vol. 31. - P. 3250-3258.
He H.J., Gu X.F., Xu W.H. et al. Kr ppel-like factor 8 is a novel androgen receptor co-activator in human prostate cancer.// Acta Pharmacol Sin. - 2013. - Vol. 34 (2). - P. 282-288.
Geybels M.S., Zhao S., Wong C.J. et al. Еpigenomic profiling of DNA methylation in paired prostate cancer versus adjacent benign tissue // Prostate. - 2015. - Sep 18.
James S.R., Cedeno C.D., Sharma A. et al. DNA methylation and nucleosome occupancy regulate the cancer germline antigen gene MAGЕA11 // Еpigenetics. - 2013. - Vol. 8 (8). - P. 849-863.
Jensen T.J., Novak P., ЕЬІІп ^Е. et al. Еpigenetic remodeling during arsenical-induced malignant transformation // Carcinogenesis. - 2008. - Vol. 29 (8). - P 1500-1508.
Jerome F., Trevor H., Robert T. Regularization Paths for Generalized Linear Models via Coordinate Descent // Journal of Statistical Software. - 2010. - Vol. 33 (1). -P. 1-22.
Jeronimo C., Usadel H., Henrique R. et al. Quantitative GST П1 hypermethylation in bodily fluids of patients with prostate cancer // Urology. - 2002. - Vol. 60. - № 6. - P. 1131-1135.
Kim J.W., Kim S.T., Turner A.R. et al. Identification of new differentially methylated genes that have potential functional consequences in prostate cancer // PLoS ONЕ. -2012. - Vol. 7. -e48455.
Kobayashi Y, Absher D.M., Gulzar Z.G. et al. DNA methylation profiling reveals novel biomarkers and important roles for DNA methyltransferases inprostate cancer // Genome Res. - 2011. - Vol. 21 (7). - P. 1017-1027.
Kolbe D.L., DeLoia J.A., Porter-Gill P. et al. Differential analysis of ovarian and endometrial cancers identifies a methylator phenotype // Califano J. ed. PLoS One. - 2012. - Vol. 7 (3). -e32941.
Langford D.J., Paul S.M., West C.M. et al. Variations in potassium channel genes are associated with distinct trajectories of persistent breast pain after breast cancer surgery // Pain. - 2015. - Vol. 156 (3). - P 371-380.
Li L.C. Еpigenetics of prostate cancer // Front. Biosci. - 2007. - Vol. 12. - P. 33773397.
Lin P.C., Giannopoulou Е^., Park K. et al. Еpigenomic alterations in localized and advanced prostate cancer // Neoplasia. - 2013. - Vol. 15 (4). - P. 373-383.
Mahapatra S., Klee Е.W., Young C.Y. et al. Global methylation profiling for risk prediction of prostate cancer // Clin. Cancer Res. - 2012. - Vol. 18. - P. 2882-2895.
Neuhaus Е.М., Zhang W., Gelis L. et al. Activation of an olfactory receptor inhibits proliferation of prostate cancer cells // J. Biol. Chem. - 2009. - Vol. 284 (24). - P 16218-16225.
Pavlova T.V., Kashuba V.I., Muravenko O.V. et al. Technology of analysis of epigenetic and structural changes of epithelial tumors genome with NotI-microarrays by the example of human chromosome // Mol. Biol. - 2009. -Vol. 43 (2). - P. 339-347.
Reka A.K., Chen G., Jones R.C., Amunugama R. et al. Epithelial-mesenchymal transition-associated secretory phenotype predicts survival in lung cancer patients // Carcinogenesis. - 2014. - Vol. 35 (6). - P. 1292-1300.
Shen J., Wang S., Zhang Y.-J. et al. Genome-wide DNA methylation profiles in hepatocellular carcinoma // Hepatology. - 2012. - Vol. 55. - P. 1799-1808.
Schweikert E.M., Devarajan A., Witte I. et al. PON3 is up-regulatedin cancer tissues and protects against mitochondrial superoxide-mediated celldeath // Cell Death Differ. - 2012. - Vol. 19 (9). - P. 1549-1560.
Smyth, G.K., Gentleman R., Carey V., et al. Limma: linear models for microarray data // Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor, - 2005. - P. 397-420. Springer, New York.
Staibano S., Mascolo M., Mancini F.P. et al. Over-expression of chromatin assembly factor-1 (CAF-1) p60 is predictive of adverse behaviour of prostatic cancer // Histopathology. - 2009. - Vol. 54 (5). - P. 580-589.
Supek F., Bosnjak M., Skunca N., Smuc T. REVIGO summarizes and visualizes long lists of gene ontology terms // PLoS One. - 2011. - Vol. 6 (7). - e21800.
Takanami I., Inoue Y, Gika M. G-protein inwardly rectifying potassium channel 1 (GIRK 1) gene expression correlates with tumor progression in non-small cell lung cancer // BMC Cancer. - 2004. - Vol. 13 (4). - P. 79.
Teschendorff A., Liu X., Caren H. et al. The dynamics of DNA methylation covariation patterns in carcinogenesis // PloS Comput Biol. - 2014. - Vol. 10 (7). - e1003709.
Teschendorff A., Marabita, F., Lechner M. et al. A beta-mixture quantile normalization method for correcting probe design bias in Illumina Infinium 450 k DNA methylation data // Bioinformatics. - 2013. - Vol. 29 (2). - P. 189-196.
Tham C., Chew M., Soong R. et al. Postoperative serum methylation levels of TAC1 and SEPT9 are independent predictors of recurrence and survival of patients with colorectal cancer // Cancer. - 2014. - Vol. 120. - P. 3131- 3141.
Triche T.J., Weisenberger D.J., Van Den Berg D. et al. Low-level processing of Illumina Infinium DNA Methylation BeadArrays // Nucleic Acids Res. - 2013. - Vol. 41 (7). - e90.
Witte I., Foerstermann U., Devarajan A. et al. Protectors or Traitors: The Roles of PON2 and PON3 in Atherosclerosis and Cancer // J. Lipids. - 2012. - P. 342806.
Wrangle J., Machida E.O., Danilova L. et al. Functional identification of cancer-specific methylation of CDO1, HOXA9, and TAC1 for the diagnosis of lung cancer // Clin. Cancer Res. - 2014. - Vol. 20. - P. 1856-1864.
Xavier R., Natacha T., Alexandre H. et al. pROC: an open-source package for R and S+ to analyze and compare ROC curves // BMC Bioinformatics. - 2011. - Vol. 12. - P. 77.
Xu D., Qu L., Hu J. et al. Transmembrane protein 106A is silenced by promoter region hypermethylation and suppresses gastric cancer growth by inducing apoptosis // Cell Mol Med. - 2014. - Vol. 18 (8). - P. 1655-1666.
Yassen A., M ller F., Lutsik P. et al. Comprehensive Analysis of DNA Methylation Data with RnBeads // Nature Methods, - 2014. - Vol. 11 (11). - P. 1138-1140.
Site: The Human Protein Atlas - www.proteinatlas.org
Site: TCGA - The Cancer Genome Atlas - https://tcga-data.nci.nih.gov
Передавая рукопись на рассмотрение в редакцию журнала, авторы принимают условия АВТОРСКОГО СОГЛАШЕНИЯ (публичная оферта) о публикации статьи в научном журнале «ВОПРОСЫ ОНКОЛОГИИ»
АВТОРСКОЕ СОГЛАШЕНИЕ (публичная оферта) о публикации статьи в научном журнале «ВОПРОСЫ ОНКОЛОГИИ»
АННМО «Вопросы онкологии» в лице Директора Прудиуса Станислава Викторовича, действующего на основании Устава (далее — Издатель), с одной стороны, предлагает неопределенному кругу лиц (далее — Автор), с другой стороны, далее совместно именуемые Стороны, заключить настоящее соглашение (далее — Соглашение) о публикации научных материалов (далее – Статья) в научном журнале «Вопросы онкологии» (далее — Журнал) на нижеуказанных условиях.
1. Общие положения
Настоящее Соглашение в соответствии с п. 2 ст. 437 Гражданского кодекса РФ является публичной офертой (далее — Оферта), полным и безоговорочным принятием (акцептом), которой в соответствии со ст. 438 Гражданского кодекса РФ считается отправка Автором своих материалов путем загрузки в сетевую электронную систему приема статей на рассмотрение, размещенную в соответствующем разделе сайта Журнала по URL: http://voprosyonkologii.ru/oferta в информационно-телекоммуникационной сети «Интернет» (далее — Интернет).
В соответствии с действующим законодательством РФ в части соблюдения авторского права на электронные информационные ресурсы, материалы сайта, электронного журнала или проекта не могут быть воспроизведены полностью или частично в любой форме (электронной или печатной) без предварительного согласия авторов и редакции журнала. Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале, которое может быть выражено путем размещения соответствующего разрешения (открытой лицензии Creative Commons Attribution International CC BY) в соответствующем разделе сайта Журнала . При использовании опубликованных материалов в контексте других документов необходима ссылка на первоисточник.
Журнал зарегистрирован Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
2. Термины, используемые в Соглашении
Автор – физическое лицо (лица), творческим трудом которого (которых) создана Статья.
Акцепт Оферты – полное и безоговорочное принятие Оферты на условиях, указанных в пункте 3 Соглашения (автор производит акцепт Оферты путем отправки заявки Издателю – загрузки Статьи и сопроводительных материалов в сетевую электронную систему приема статей на рассмотрение, размещенную в соответствующем разделе сайта Журнала по URL: http://voprosyonkologii.ru в сети Интернет).
Журнал – научный журнал "Вопросы онкологии".
Заявка – электронное обращение Автора к Издателю на размещение Статьи в Журнале посредством загрузки статьи и сопроводительных материалов в сетевую электронную систему приема статей на рассмотрение, размещенную в соответствующем разделе сайта Журнала http://voprosyonkologii.ru в сети Интернет).
Издатель – АННМО «Вопросы онкологии», являющееся учредителем и издателем Журнала.
Метаданные Статьи – материалы на русском и английском языках, предназначенные для включения в базы данных научного цитирования в соответствии с оригинальной версией Статьи: название статьи; сведения об авторах (фамилия, имя, отчество автора (авторов) полностью, место работы каждого автора с указанием почтового адреса, контактная информация (e-mail) для каждого автора; аннотация; ключевые слова; тематический рубрикатор: УДК либо другие библиотечно-библиографические классификационные и предметные индексы; библиографический список (список ссылок).
Оферта – настоящий документ (предложение Автору) на публикацию Статьи путем размещения ее на сайте Журнала по URL: http://voprosyonkologii.ru/oferta в сети Интернет.
Публикация – размещение Статьи в Журнале.
Редакция Журнала – творческий коллектив, осуществляющий подготовку Журнала к выпуску.
Редакционная коллегия – совещательный орган при Редакции Журнала.
Статья – результат фундаментальных и прикладных научных исследований в виде научного материала, обзорного научного материала, научного сообщения, библиографического обзора по определенным темам научного исследования, исторической справки, посвященной деятелям российской и зарубежной науки, представленный Автором для публикации в Журнале.
Стороны – Автор и Издатель.
Требования к статьям – требования к публикуемым в Журнале материалам, размещенные в разделе «Авторам» сайта Журнала по URL: http://voprosyonkologii.ru/author в сети Интернет.
Услуга – размещение (публикация) Статьи в Журнале на основании Заявки Автора.
3. Предмет Соглашения (Оферты)
3.1. По настоящему соглашению Автор предоставляет Издателю на безвозмездной основе на срок действия авторского права, предусмотренного законодательством РФ, неисключительную лицензию на использование созданной Автором Статьи для опубликования в Журнале.
3.2. Права по использованию Статьи, передаваемые по настоящему Соглашению, включают в себя, но не ограничиваются:
- воспроизведение Статьи или ее отдельной части, а также метаданных статьи на русском и английском языках в любой материальной форме, в том числе на бумажном и электронном носителе в виде отдельного произведения в журналах и/или базах данных (локальных или в сети Интернет) Издателя и/или иных лиц, по усмотрению Издателя;
- распространение Статьи или ее отдельной части, а также метаданных статьи на русском и английском языках на любом носителе в составе Журнала и/или базах данных Издателя или иных лиц, по усмотрению Издателя, или в виде самостоятельного произведения по всему миру на условиях открытого доступа или по подписке без выплаты вознаграждения Автору;
- доведение Статьи или отдельной ее части, а также метаданных статьи на русском и английском языках до всеобщего сведения таким образом, что любое лицо может получить доступ к Статье из любого места и в любое время по собственному выбору (в том числе через Интернет);
- выдавать разрешения на использование Статьи и ее отдельных частей, а также метаданных статьи на русском и английском языках третьим лицам с уведомлением Автора об этом путем размещения соответствующей информации на сайте Журнала без выплаты вознаграждения Автору;
- переработка, в том числе перевод Статьи (в том числе на иностранные языки), и использование переработанной (переведенной) Статьи вышеуказанными способами;
- иные права, прямо не переданные Издателю по настоящему Договору, включая патентные права на любые процессы, способы или методы и прочее, описанные Автором в Статье, а также права на товарные знаки, сохраняются за Автором.
3.3. Территория, на которой допускается использование прав на Статью, не ограничена.
3.4. Действие настоящего Соглашения возникает с момента направления Статьи в Журнал – загрузки Статьи и сопроводительных материалов в сетевую электронную систему приема статей на рассмотрение, размещенную в соответствующем разделе сайта Журнала по URL: http://voprosyonkologii.ru/ в сети Интернет (далее — Загрузки Статьи). адрес сайта журнала.
3.5. Права передаются Автором Издателю безвозмездно, и публикация Статьи в Журнале не влечет никаких финансовых отчислений Автору.
3.6. В случае принятия Издателем решения об отказе в опубликовании Статьи в Журнале настоящее Соглашение утрачивает силу. Решение об отказе в опубликовании направляется Автору по адресу электронной почты, указанной в Заявке.
3.7. Издатель обязуется в течение срока действия Соглашения оказывать Автору услуги, связанные с публикацией Статьи на сайте Журнала по URL: http://voprosyonkologii.ru/ в сети Интернет.
4. Общие условия оказания услуг
4.1. Издатель оказывает услуги Автору только при выполнении следующих условий:
- Автор предоставил путем Загрузки статьи все материалы, соответствующие требованиям Оферты;
- Автор осуществил Акцепт Оферты.
4.2. Услуги предоставляются Автору на безвозмездной основе.
4.3. В случае если материалы предоставлены Автором с нарушением правил и требований настоящей Оферты, Издатель вправе отказать в их размещении.
4.4. Издатель в течение срока действия Договора не несет ответственность за несанкционированное использование третьими лицами данных, предоставленных Автором.
5. Права и обязанности Сторон
5.1. Автор гарантирует:
- что он является действительным правообладателем исключительных прав на статью; права, предоставленные Издателю по настоящему Соглашению, не передавались ранее и не будут передаваться третьим лицам до момента публикации Статьи Издателем в Журнале;
- что Статья содержит все предусмотренные действующим законодательством об авторском праве ссылки на цитируемых авторов и/или издания (материалы);
- что Автором получены все необходимые разрешения на используемые в Статье результаты, факты и иные заимствованные материалы, правообладателем которых Автор не является;
- что Статья не содержит материалы, не подлежащие опубликованию в открытой печати в соответствии с действующими законодательными актами РФ, и ее опубликование и распространение не приведут к разглашению секретной (конфиденциальной) информации (включая государственную тайну);
- что Автор проинформировал других Соавторов относительно условий этого Соглашения и получил согласие всех Соавторов на заключение настоящего Соглашения на условиях, предусмотренных Соглашением.
5.2. Автор обязуется:
- представить рукопись Статьи в соответствии с Требованиями к статьям, указанным на сайте Журнала по URL: http://voprosyonkologii.ru/author;
- не использовать в коммерческих целях и в других изданиях без согласия Издателя электронную копию Статьи, подготовленную Издателем;
- в процессе подготовки Статьи к публикации Автор обязуется:
- вносить в текст Статьи исправления, указанные рецензентами и принятые Редакцией Журнала, и/или, при необходимости, по требованию Издателя и Редакции доработать Статью;
- читать корректуру Статьи в сроки, предусмотренные графиком выхода Журнала;
- вносить в корректуру Статьи только тот минимум правки, который связан с необходимостью исправления допущенных в оригинале Статьи ошибок и/или внесения фактологических и конъюнктурных изменений.
5.3. Автор имеет право:
- передавать третьим лицам электронную копию опубликованной Статьи, предоставленную ему Издателем согласно п. 5.4 настоящего Соглашения, целиком или частично для включения Статьи в базы данных и репозитории научной информации с целью продвижения академических или научных исследований или для информационных и образовательных целей при условии обеспечения ссылок на Автора, Журнал и Издателя.
5.4. Издатель обязуется:
- опубликовать в печатной и электронной форме Статью Автора в Журнале в соответствии с условиями настоящего Соглашения;
- по решению Редакции Журнала, в случае необходимости, предоставить Автору корректуру верстки Статьи и внести обоснованную правку Автора;
- предоставить Автору электронную копию опубликованной Статьи на электронный адрес Автора в течение 15 рабочих дней со дня выхода номера Журнала в свет;
- соблюдать предусмотренные действующим законодательством права Автора, а также осуществлять их защиту и принимать все необходимые меры для предупреждения нарушения авторских прав третьими лицами.
5.5. Издатель имеет право:
- осуществлять техническое и литературное редактирование Статьи, не изменяющее ее (основное содержание);
- проводить экспертизу Статьи и предлагать Автору внести необходимые изменения, до выполнения которых Статья не будет размещена в Журнале;
- при любом последующем разрешенном использовании Автором (и/или иными лицами) Журнала и/или Статьи (в том числе любой ее отдельной части, фрагмента) требовать от указанных лиц указания ссылки на Журнал, Издателя, Автора или иных обладателей авторских прав, название Статьи, номер Журнала и год опубликования, указанные в Журнале;
- размещать в СМИ и других информационных источниках предварительную и/или рекламную информацию о предстоящей публикации Статьи;
- устанавливать правила (условия) приема и публикации материалов в Журнале. Редколлегии Журнала, возглавляемой главным редактором, принадлежат исключительные права отбора и/или отклонения материалов, направляемых в редакцию Журнала с целью их публикации. Рукопись (материальный носитель), направляемая Автором в Редакцию Журнала, возврату не подлежит. Редакция Журнала в переписку по вопросам отклонения Статьи Редколлегией Журнала не вступает;
- временно приостановить оказание Автору услуг по Соглашению по техническим, технологическим или иным причинам, препятствующим оказанию услуг, на время устранения таких причин;
- приостановить оказание услуг по Соглашению в одностороннем внесудебном порядке в случаях:
- если Статья не соответствует тематике Журнала (или какой-либо его части), либо представленный материал недостаточен для самостоятельной публикации, либо оформление Статьи не отвечает предъявляемым требованиям;
- нарушения Автором иных обязательств, принятых в соответствии с Офертой;
- вносить изменения в Оферту в установленном Офертой порядке.
5.6. Во всех случаях, не оговоренных и не предусмотренных в настоящем Соглашении, Стороны обязаны руководствоваться действующим законодательством Российской Федерации.
6. Акцепт Оферты и заключение Соглашения. Срок действия Соглашения
6.1. Настоящее Соглашение вступает в силу с момента его заключения, когда Автор производит Акцепт Оферты посредством отправки заявки Издателю – Загрузки Статьи, и действует в течение 5 лет.
6.2. Акцепт Оферты Автором создает Соглашение, заключенное в письменной форме (статьи 438 и 1286.1 Гражданского Кодекса РФ) на условиях Оферты.
6.3. Если ни одна из Сторон не направит другой Стороне письменное уведомление о расторжении Соглашения не позднее, чем за два месяца до окончания предписанного пятилетнего срока, то срок действия прав Издателя на Произведения автоматически пролонгируется на аналогичный срок. Количество пролонгаций не ограничено.
6.4. Срок действия Соглашения не может превышать срок действия исключительных прав на Статью в соответствии с законодательством РФ.
6.5. При передаче (отчуждении) исключительного права на произведение Автором третьему лицу действие настоящего Соглашения не прекращается.
7. Порядок изменения и расторжения Соглашения
7.1. Издатель вправе в одностороннем порядке изменять условия настоящего Соглашения, предварительно, не менее чем за 10 (десять) календарных дней до вступления в силу соответствующих изменений, известив об этом Автора через сайт Журнала или путем направления извещения посредством электронной почты на адрес электронной почты Автора, указанный в Заявке Автора. Изменения вступают в силу с даты, указанной в соответствующем извещении.
7.2. В случае несогласия Автора с изменениями условий настоящего Соглашения Автор вправе направить Издателю письменное уведомление об отказе от настоящего Соглашения путем загрузки уведомления в сетевую электронную систему приема статей на рассмотрение, размещенную в соответствующем разделе сайта Журнала по URL: voprosyonkologii.ru в сети Интернет) или направления уведомления на официальный адрес электронной почты Редакции Журнала, указанный на сайте Журнала "Вопросы онкологии" в сети Интернет)
7.3. Настоящее Соглашение может быть расторгнуто досрочно:
- по соглашению Сторон в любое время;
- по иным основаниям, предусмотренным настоящим Соглашением.
7.4. Автор вправе в одностороннем порядке отказаться от исполнения настоящего Соглашения, направив Издателю соответствующее уведомление в письменной форме не менее чем за 60 (шестьдесят) календарных дней до предполагаемой даты публикации статьи Автора в Журнале.
7.5. Прекращение срока действия Соглашения по любому основанию не освобождает Стороны от ответственности за нарушения условий Соглашения, возникшие в течение срока его действия.
8. Ответственность
8.1. За неисполнение или ненадлежащее исполнение своих обязательств по Соглашению Стороны несут ответственность в соответствии с действующим законодательством РФ.
8.2. Все сведения, предоставленные Автором, должны быть достоверными. Автор отвечает за достоверность и полноту передаваемых им Издателю сведений. При использовании недостоверных сведений, полученных от Автора, Издатель не несет ответственности за негативные последствия, вызванные его действиями на основании предоставленных недостоверных сведений.
8.3. Автор самостоятельно несет всю ответственность за соблюдение требований законодательства РФ о рекламе, о защите авторских и смежных прав, об охране товарных знаков и знаков обслуживания, о защите прав потребителей.
8.4. Издатель не несет никакой ответственности по Соглашению:
- за какие-либо действия, являющиеся прямым или косвенным результатом действий Автора;
- за какие-либо убытки Автора вне зависимости от того, мог ли Издатель предвидеть возможность таких убытков или нет.
8.5. Издатель освобождается от ответственности за нарушение условий Соглашения, если такое нарушение вызвано действием обстоятельств непреодолимой силы (форс-мажор), включая действия органов государственной власти (в т.ч. принятие правовых актов), пожар, наводнение, землетрясение, другие стихийные бедствия, отсутствие электроэнергии и/или сбои работы компьютерной сети, забастовки, гражданские волнения, беспорядки, любые иные обстоятельства.
9. Порядок разрешения споров
9.1. Споры и разногласия будут решаться Сторонами путем переговоров, а в случае недостижения согласия – в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации.
9.2. При наличии неурегулированных разногласий Сторон споры разрешаются в суде по месту нахождения Издателя в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации.
10. Прочие условия
10.1. Любые уведомления, сообщения, запросы, и т.п. (за исключением документов, которые должны быть направлены в виде подлинных оригиналов в соответствии с законодательством РФ) считаются полученными Автором, если они были переданы (направлены) Издателем через сайт журнала (в том числе путем публикации), по факсу, по электронной почте, указанной в Заявке и по другим каналам связи. Стороны признают юридическую силу уведомлений, сообщений, запросов и т.п., переданных (направленных) указанными выше способами.
10.2. В случае предъявления к Издателю требований, связанных с нарушением исключительных авторских и иных прав интеллектуальной собственности третьих лиц при создании Статьи или в связи с заключением Автором настоящего Соглашения, Автор обязуется:
- немедленно, после получения уведомления Издателя, принять меры к урегулированию споров с третьими лицами, при необходимости вступить в судебный процесс на стороне Издателя и предпринять все зависящие от него действия с целью исключения Издателя из числа ответчиков;
- возместить Издателю понесенные судебные расходы, расходы и убытки, вызванные применением мер обеспечения иска и исполнения судебного решения, и выплаченные третьему лицу суммы за нарушение исключительных авторских и иных прав интеллектуальной собственности, а также иные убытки, понесенные Издателем в связи с несоблюдением Автором гарантий, предоставленных ими по настоящему Соглашению.
10.3. В соответствии со ст. 6. ФЗ «О персональных данных» № 152-ФЗ от 27 июля 2006 года в период с момента заключения настоящего Соглашения и до прекращения обязательств Сторон по настоящему Соглашению Автор выражает согласие на обработку Издателем следующих персональных данных Автора: фамилия, имя, отчество; индивидуальный номер налогоплательщика (ИНН); дата и место рождения; сведения о гражданстве; реквизиты документов, удостоверяющих личность; адреса места регистрации и фактического места жительства; адреса электронной почты; почтовый адрес с индексом; номера контактных телефонов; номера факсов; сведения о местах работы.
10.4. Издатель вправе производить обработку указанных персональных данных в целях исполнения настоящего Соглашения, в том числе выполнения информационно-справочного обслуживания Автора. Под обработкой персональных данных понимаются действия (операции) с персональными данными, включая сбор, систематизацию, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), использование, распространение (в том числе передача третьим лицам), обезличивание, блокирование и уничтожение персональных данных в соответствии с действующим законодательством РФ.
10.5. Автор вправе отозвать согласие на обработку персональных данных, перечисленных в п. 10.3, направив Издателю соответствующее уведомление в случаях, предусмотренных законодательством РФ. При получении указанного уведомления Издатель вправе приостановить оказание услуг.
10.6. Автор в добровольном порядке предоставляет в редакцию Журнала сведения о себе (и о каждом из Соавторов – по предварительному согласованию с ними) в составе: фамилия, имя, отчество, ученая степень, ученое звание, должность, место работы (наименование и почтовый адрес организации), номер рабочего телефона и адрес электронной почты с целью их открытой публикации в Журнале вместе с публикацией статьи.
11. Юридический адрес и реквизиты Издателя
Автономная некоммерческая медицинская организация «Вопросы онкологии»
Адрес: 197758, г Санкт-Петербург, поселок Песочный, улица Ленинградская, 68
ИНН 7843290049, КПП 784301001, ОКПО: 38074337, ОГРН 1127800001218.
Директор: С.В. Прудиус