Полимеразная цепная реакция (ПЦР), как эффективный скрининговый метод выявления транслокаций с участием генов NTRK при немелкоклеточном раке легкого
pdf

Ключевые слова

немелкоклеточный рак легкого,
транслокация,
NTRK,
ПЦР диагностика

Аннотация

Актуальность. Детекция транслокаций с участием генов семейства NTRK (Neurotrophic Tyrosine Receptor Kinase) у пациентов с немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ) является серьезной технической задачей. Это обусловлено наличием большого количества генов-партнеров, точек разрыва в них и присутствием альтернативного процесса посттранкрипционной модификации молекул РНК — сплайсинга в самих генах NTRK.

Целью работы стала разработка эффективного метода диагностики транслокаций NTRK, а также анализ частоты и спектра этих перестроек при НМРЛ.

Материалы и методы. Разработан комбинированный метод поиска транслокаций NTRK, основанный на полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией. Метод состоит из 2 этапов: первичной ПЦР с анализом несбалансированной экспрессии генов NTRK и серии вариант-специфических ПЦР для выявления частых вариантов перестроек.

Результаты. В выборке из 5102 пациентов с НМРЛ было обнаружено 9 случаев несбалансированной экспрессии по одному из генов NTRK. При помощи вариант-специфических ПЦР присутствие перестроек было подтверждено в 2 из этих 9 НМРЛ. Остальные образцы, демонстрирующие феномен несбалансированной экспрессии, были проанализированы методом высокопроизводительного секвенирования РНК нового поколения (NGS), в результате чего были обнаружены ещё 4 транслокации NTRK. Таким образом, всего было выявлено 6 перестроек с участием генов семейства NTRK (6/5102, 0.12%): SQSTM1ex5/NTRK1ex9, TPM3ex8/NTRK1ex10, CD74ex6/NTRK1ex10, FAM118Bex8/NTRK1ex9, SQSTM1ex4/NTRK2ex14, ETV6ex5/NTRK3ex15. Транслокация FAM118B/NTRK1 ранее не была описана в литературе.

Заключение. Комбинация 2 различных ПЦР-тестов представляется адекватным подходом для диагностики перестроек с участием генов NTRK1, NTRK2, NTRK3. Систематический скрининг несбалансированной экспрессии генов NTRK позволяет выявлять новые варианты клинически значимых транслокаций при НМРЛ.

https://doi.org/10.37469/0507-3758-2022-68-2-182-187
pdf

Библиографические ссылки

van der Geer P, Hunter T, Lindberg RA. Receptor protein-tyrosine kinases and their signal transduction pathways // Annu Rev Cell Biol. 1994;10:251–337.

Huang EJ, Reichardt LF. Trk Receptors: Roles in Neuronal Signal Transduction // Annu Rev Biochem. 2003;72:609–642. doi:10.1146/annurev.biochem.72.121801.161629

Deinhardt K, Chao MV. Trk Receptors. In: Lewin GR, Carter BD, editors. Neurotrophic Factors [Internet]. Berlin, Heidelberg: Springer. 2014:103–119. doi:org/10.1007/978-3-642-45106-5_5

Doebele RC, Davis LE, Vaishnavi A et al. An oncogenic NTRK fusion in a patient with soft-tissue sarcoma with response to the tropomyosin-related kinase inhibitor LOXO-101 // Cancer Discov. 2015;5:1049–1057.

Scott LJ. Larotrectinib: First Global Approval // Drugs. 2019;79:201–206. doi:10.1007/s40265-018-1044-x

Doebele RC, Drilon A, Paz-Ares L et al. Entrectinib in patients with advanced or metastatic NTRK fusion-positive solid tumours: integrated analysis of three phase 1–2 trials // Lancet Oncol. 2020;21:271–282. doi:10.1016/S1470-2045(19)30691-6

Solomon JP, Linkov I, Rosado A et al. NTRK fusion detection across multiple assays and 33,997 cases: diagnostic implications and pitfalls // Mod Pathol. 2020;33:38–46. doi:10.1038/s41379-019-0324-7

Amatu A, Sartore-Bianchi A, Siena S. NTRK gene fusions as novel targets of cancer therapy across multiple tumour types // ESMO Open. 2016;1:e000023.

Gatalica Z, Xiu J, Swensen J, Vranic S. Molecular characterization of cancers with NTRK gene fusions // Mod Pathol. 2019;32:147–153. doi:10.1038/s41379-018-0118-3

Solomon JP, Hechtman JF. Detection of NTRK Fusions: Merits and Limitations of Current Diagnostic Platforms // Cancer Res. 2019;79:3163–3168. doi:10.1158/0008-5472.CAN-19-0372

Iyevleva AG, Raskin GA, Tiurin VI et al. Novel ALK fusion partners in lung cancer // Cancer Lett. 2015;362:116–121. doi:10.1016/j.canlet.2015.03.028

Preobrazhenskaya EV, Iyevleva AG, Suleymanova AM et al. Gene rearrangements in consecutive series of pediatric inflammatory myofibroblastic tumors // Pediatr Blood Cancer [Internet]. 2020 [cited 2020 Jun 22];67. doi:10.1002/pbc.28220

Brzeziańska E, Karbownik M, Migdalska-Sęk M et al. Molecular analysis of the RET and NTRK1 gene rearrangements in papillary thyroid carcinoma in the Polish population // Mutat Res Mol Mech Mutagen. 2006;599:26–35. doi:10.1016/j.mrfmmm.2005.12.013

Chomczynski P, Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction // Anal Biochem. 1987;162:156–159. doi:10.1006/abio.1987.9999

Wang R, Pan Y, Li C et al. The Use of Quantitative Real-Time Reverse Transcriptase PCR for 5′ and 3′ Portions of ALK Transcripts to Detect ALK Rearrangements in Lung Cancers // Clin Cancer Res. 2012;18:4725–4732. doi:10.1158/1078-0432.CCR-12-0677

Zito Marino F, Pagliuca F, Ronchi A et al. NTRK Fusions, from the Diagnostic Algorithm to Innovative Treatment in the Era of Precision Medicine // Int J Mol Sci. 2020;21:E3718. doi:10.3390/ijms21103718

Лицензия Creative Commons

Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial-NoDerivatives» («Атрибуция — Некоммерческое использование — Без производных произведений») 4.0 Всемирная.

Copyright (c) 2022 Александр Романько