Ключевые слова
Как цитировать
Аннотация
Актуальность. Детекция транслокаций с участием генов семейства NTRK (Neurotrophic Tyrosine Receptor Kinase) у пациентов с немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ) является серьезной технической задачей. Это обусловлено наличием большого количества генов-партнеров, точек разрыва в них и присутствием альтернативного процесса посттранкрипционной модификации молекул РНК — сплайсинга в самих генах NTRK.
Целью работы стала разработка эффективного метода диагностики транслокаций NTRK, а также анализ частоты и спектра этих перестроек при НМРЛ.
Материалы и методы. Разработан комбинированный метод поиска транслокаций NTRK, основанный на полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией. Метод состоит из 2 этапов: первичной ПЦР с анализом несбалансированной экспрессии генов NTRK и серии вариант-специфических ПЦР для выявления частых вариантов перестроек.
Результаты. В выборке из 5102 пациентов с НМРЛ было обнаружено 9 случаев несбалансированной экспрессии по одному из генов NTRK. При помощи вариант-специфических ПЦР присутствие перестроек было подтверждено в 2 из этих 9 НМРЛ. Остальные образцы, демонстрирующие феномен несбалансированной экспрессии, были проанализированы методом высокопроизводительного секвенирования РНК нового поколения (NGS), в результате чего были обнаружены ещё 4 транслокации NTRK. Таким образом, всего было выявлено 6 перестроек с участием генов семейства NTRK (6/5102, 0.12%): SQSTM1ex5/NTRK1ex9, TPM3ex8/NTRK1ex10, CD74ex6/NTRK1ex10, FAM118Bex8/NTRK1ex9, SQSTM1ex4/NTRK2ex14, ETV6ex5/NTRK3ex15. Транслокация FAM118B/NTRK1 ранее не была описана в литературе.
Заключение. Комбинация 2 различных ПЦР-тестов представляется адекватным подходом для диагностики перестроек с участием генов NTRK1, NTRK2, NTRK3. Систематический скрининг несбалансированной экспрессии генов NTRK позволяет выявлять новые варианты клинически значимых транслокаций при НМРЛ.
Библиографические ссылки
van der Geer P, Hunter T, Lindberg RA. Receptor protein-tyrosine kinases and their signal transduction pathways // Annu Rev Cell Biol. 1994;10:251–337.
Huang EJ, Reichardt LF. Trk Receptors: Roles in Neuronal Signal Transduction // Annu Rev Biochem. 2003;72:609–642. doi:10.1146/annurev.biochem.72.121801.161629
Deinhardt K, Chao MV. Trk Receptors. In: Lewin GR, Carter BD, editors. Neurotrophic Factors [Internet]. Berlin, Heidelberg: Springer. 2014:103–119. doi:org/10.1007/978-3-642-45106-5_5
Doebele RC, Davis LE, Vaishnavi A et al. An oncogenic NTRK fusion in a patient with soft-tissue sarcoma with response to the tropomyosin-related kinase inhibitor LOXO-101 // Cancer Discov. 2015;5:1049–1057.
Scott LJ. Larotrectinib: First Global Approval // Drugs. 2019;79:201–206. doi:10.1007/s40265-018-1044-x
Doebele RC, Drilon A, Paz-Ares L et al. Entrectinib in patients with advanced or metastatic NTRK fusion-positive solid tumours: integrated analysis of three phase 1–2 trials // Lancet Oncol. 2020;21:271–282. doi:10.1016/S1470-2045(19)30691-6
Solomon JP, Linkov I, Rosado A et al. NTRK fusion detection across multiple assays and 33,997 cases: diagnostic implications and pitfalls // Mod Pathol. 2020;33:38–46. doi:10.1038/s41379-019-0324-7
Amatu A, Sartore-Bianchi A, Siena S. NTRK gene fusions as novel targets of cancer therapy across multiple tumour types // ESMO Open. 2016;1:e000023.
Gatalica Z, Xiu J, Swensen J, Vranic S. Molecular characterization of cancers with NTRK gene fusions // Mod Pathol. 2019;32:147–153. doi:10.1038/s41379-018-0118-3
Solomon JP, Hechtman JF. Detection of NTRK Fusions: Merits and Limitations of Current Diagnostic Platforms // Cancer Res. 2019;79:3163–3168. doi:10.1158/0008-5472.CAN-19-0372
Iyevleva AG, Raskin GA, Tiurin VI et al. Novel ALK fusion partners in lung cancer // Cancer Lett. 2015;362:116–121. doi:10.1016/j.canlet.2015.03.028
Preobrazhenskaya EV, Iyevleva AG, Suleymanova AM et al. Gene rearrangements in consecutive series of pediatric inflammatory myofibroblastic tumors // Pediatr Blood Cancer [Internet]. 2020 [cited 2020 Jun 22];67. doi:10.1002/pbc.28220
Brzeziańska E, Karbownik M, Migdalska-Sęk M et al. Molecular analysis of the RET and NTRK1 gene rearrangements in papillary thyroid carcinoma in the Polish population // Mutat Res Mol Mech Mutagen. 2006;599:26–35. doi:10.1016/j.mrfmmm.2005.12.013
Chomczynski P, Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction // Anal Biochem. 1987;162:156–159. doi:10.1006/abio.1987.9999
Wang R, Pan Y, Li C et al. The Use of Quantitative Real-Time Reverse Transcriptase PCR for 5′ and 3′ Portions of ALK Transcripts to Detect ALK Rearrangements in Lung Cancers // Clin Cancer Res. 2012;18:4725–4732. doi:10.1158/1078-0432.CCR-12-0677
Zito Marino F, Pagliuca F, Ronchi A et al. NTRK Fusions, from the Diagnostic Algorithm to Innovative Treatment in the Era of Precision Medicine // Int J Mol Sci. 2020;21:E3718. doi:10.3390/ijms21103718
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial-NoDerivatives» («Атрибуция — Некоммерческое использование — Без производных произведений») 4.0 Всемирная.
© АННМО «Вопросы онкологии», Copyright (c) 2022