ТЕХНИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ "ЖИДКОСТНОЙ БИОПСИИ": ВЛИЯНИЕ ФИЗИОЛОГИЧЕСКИХ И ПРЕАНАЛИТИЧЕСКИХ ПАРАМЕТРОВ НА УРОВЕНЬ ЦИРКУЛИРУЮЩЕЙ ОПУХОЛЕВОЙ ДНК
卷 66 编号 4 (2020), ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ. А. ПРОТОКОЛЫ КЛИНИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ
卷 66 编号 4 (2020)

ТЕХНИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ "ЖИДКОСТНОЙ БИОПСИИ": ВЛИЯНИЕ ФИЗИОЛОГИЧЕСКИХ И ПРЕАНАЛИТИЧЕСКИХ ПАРАМЕТРОВ НА УРОВЕНЬ ЦИРКУЛИРУЮЩЕЙ ОПУХОЛЕВОЙ ДНК

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ. А. ПРОТОКОЛЫ КЛИНИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ
https://doi.org/10.37469/0507-3758-2020-66-4-391-397
已出版 01.04.2020
Т. Соколова
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова
Т. Лайдус
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
Р. Меерович
Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
К. Загороднев
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
Александр Мартьянов
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
М. Холматов
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
Владислав Тюрин
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
А. Романько
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
М. Анисимова
Санкт-Петербургский клинический научно-практический центр специализированных видов медицинской помощи (онкологический)
О. Власова
Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого
Е. Кулигина
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова
Григорий Янус
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Петрова, Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
##article.numberofdownloads## 42
##article.numberofviews## 137
PDF (Русский)

关键词

ЖИДКОСТНАЯ БИОПСИЯ
ПРЕАНАЛИТИЧЕСКИЕ ФАКТОРЫ
РАК ТОЛСТОЙ КИШКИ
РАК ЛЕГКОГО
МЕЛАНОМА
ДРАЙВЕРНЫЕ МУТАЦИИ

How to Cite

Соколова, Т., Лайдус, Т., Меерович, Р., Загороднев, К., Мартьянов, А., Холматов, М., Тюрин, В., Романько, А., Анисимова, М., Власова, О., Кулигина, Е., & Янус, Г. (2020). ТЕХНИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ "ЖИДКОСТНОЙ БИОПСИИ": ВЛИЯНИЕ ФИЗИОЛОГИЧЕСКИХ И ПРЕАНАЛИТИЧЕСКИХ ПАРАМЕТРОВ НА УРОВЕНЬ ЦИРКУЛИРУЮЩЕЙ ОПУХОЛЕВОЙ ДНК. VOPROSY ONKOLOGII, 66(4), 391–397. https://doi.org/10.37469/0507-3758-2020-66-4-391-397
ACM ACS APA ABNT Chicago Harvard IEEE MLA Turabian Vancouver

摘要

«Жидкостная биопсия» — одно из наиболее популярных направлений молекулярной онкологии. Суть данной процедуры сводится к детекции и мониторингу опухоль-специфических маркеров в различных жидкостях организма (крови, моче, плевральной жидкости и т.д.). Значительные усилия направлены на то, чтобы перевести в неинвазивный формат наиболее востребованные мутационные тесты, в частности, анализ генов EGFR, KRAS, BRAF и т.д. Тем не менее, несмотря на чрезвычайную привлекательность, «жидкостная биопсия» пока не может рутинно применяться в диагностической деятельности, т.к. не обладает достаточной чувствительностью и специфичностью. Данное исследование направленно на улучшение операционных характеристик этого метода в отношении карцином толстой кишки (РТК), легкого (РЛ) и меланом, содержащих клинически значимые мутации (KRAS: нуклеотидные замены в кодонах 12, 13, 61, 146; EGFR: ex19del и L858R; BRAF: V600E). С помощью цифровой-капельной пцр (ddPCR) 417 образцов плазмы от 88 пациентов было протестировано на предмет наличия соответствующих опухолевых мутаций в циркулирующей опухолевой ДНК (цоДНК). Присутствие в плазме «мутантных» копий генов было зафиксировано в 32/57 (56%) РТК, 7/14 (50%) РЛ и в 4/17 (24%) случаях меланомы. Среди пациентов с отдаленными метастазами доля «плазма-позитивных» случаев была выше, чем в группе с локализованным процессом [34/56 (61%) vs. 5/15 (33%), р = 0.058]. У 86 пациентов имелись серийные образцы плазмы, полученные, как минимум, в двух разных временных точках (9.00 и 16.00), до и после физической нагрузки, натощак и после приема пищи. количественный анализ цоДНК в серийных образцах позволил сделать заключение о том, что циркадианные ритмы и указанные физиологические параметры не оказывают заметного влияния на концентрацию цоДНК в крови онкологических пациентов. Выполненные эксперименты, тем не менее, продемонстрировали наличие существенной вариабельности уровня цоДнк в плазме больных, в том числе у одного и того же пациента, в течение относительно коротких промежутков времени. Это обстоятельство диктует необходимость выполнять серийный забор материала и повторных испытаний для случаев, когда успех «жидкостной биопсии» имеет решающее значение для последующего принятия клинически важных решений.

https://doi.org/10.37469/0507-3758-2020-66-4-391-397
##article.numberofdownloads## 42
##article.numberofviews## 137
PDF (Русский)

参考

Abbosh C., Birkbak N.J., Wilson G.A. et al. Phylogenetic ctDNA analysis depicts early-stage lung cancer evolution // Nature. - 2017. - Vol. 545. - P 446-451.

Atamaniuk J., Vidotto C., Tschan H. et al. Increased concentrations of cell-free plasma DNA after exhaustive exercise // Clin Chem. - 2004. - Vol. 50. - № 9. - P. 1668-1670.

Breitbach S., Tug S., Simon P Circulating cell-free DNA: an up-coming molecular marker in exercise physiology // Sports Med. - 2012. - Vol. 42. - № 7. - P 565-586.

Calapre L., Giardina T., Robinson C. et al. Locus-specific concordance of genomic alterations between tissue and plasma circulating tumor DNA in metastatic melanoma // Mol Oncol. - 2018. - Vol. 13. - № 2. - P 171-184.

Chan K.C., Yeung S.W., Lui W.B. et al. Effects of preana-lytical factors on the molecular size of cell-free DNA in blood // Clin Chem. - 2005. - Vol. 51. - P 781-784.

Diefenbach R.J., Lee J.H., Kefford R.F., Rizos H. Evaluation of commercial kits for purification of circulating free DNA // Cancer Genet. - 2018. - Vol. 228. - P. 21-27.

Diehl F, Schmidt K., Choti M.A. et al. Circulating mutant DNA to assess tumor dynamics // Nat Med. - 2008. - Vol. 14. - P 985-990.

Dierickx P., Van Laake L.W., Geijsen N. Circadian clocks: from stem cells to tissue homeostasis and regeneration // EMBO Rep. - 2018. - Vol. 19. - P 18-28.

El Messaoudi S., Mouliere F, Du Manoir S. et al. Circulating DNA as a Strong Multimarker Prognostic Tool for Metastatic Colorectal Cancer Patient Management Care // Clin Cancer Res. - 2016. - Vol. 22. - № 12. - P. 3067-3077.

Galot R., van Marcke C., Helaers R. et al. Liquid biopsy for mutational profiling of locoregional recurrent and/or metastatic head and neck squamous cell carcinoma // Oral Oncol. - 2020. - Vol. 104. - P 104631.

Guo Q., Wang J., Xiao J. et al. Heterogeneous mutation pattern in tumor tissue and circulating tumor DNA warrants parallel NGS panel testing // Mol Cancer. - 2018. - Vol. 17. - № 1. - P. 131.

Haselmann V., Ahmad-Nejad P., Geilenkeuser W.J. et al. Results of the first external quality assessment scheme (EQA) for isolation and analysis of circulating tumour DNA (ctDNA) // Clin Chem Lab Med. - 2018. - Vol. 56. - № 2. - P. 220-228.

Jung M., Klotzek S., Lewandowski M. et al. Changes in concentration of DNA in serum and plasma during storage of blood samples // Clin Chem. - 2003. -Vol. 49. - P. 1028-1029.

Lee J.S., Kim M., Seong M.W. et al. Plasma vs. serum in circulating tumor DNA measurement: characterization by DNA fragment sizing and digital droplet polymerase chain reaction // Clin Chem Lab Med. - 2020. - Vol. 58. - P. 527-532.

Ma F, Guan Y, Yi Z., Chang L. et al. Assessing tumor heterogeneity using ctDNA to predict and monitor therapeutic response in metastatic breast cancer // Int J Cancer. - 2020. - Vol. 146. - № 5. - P 1359-1368.

Madic J., Kiialainen A., Bidard F-C. et al. (2015), Circulating tumor DNA and circulating tumor cells in metastatic triple negative breast cancer patients // Int. J. Cancer. - 2015. - Vol. 136. - P 2158-2165.

Markus H., Contente-Cuomo T, Farooq M. et al. Evaluation of pre-analytical factors affecting plasma DNA analysis // Sci Rep. - 2018. - Vol. 8. - № 1. - P. 7375.

Meddeb R., Dache Z.A.A., Thezenas S. et al. Quantifying circulating cell-free DNA in humans // Sci Rep. - 2019. - Vol. 9. - № 1. - P 5220.

Nikolaev S., Lemmens L., Koessler T. et al. Circulating tumoral DNA: Preanalytical validation and quality control in a diagnostic laboratory // Anal Biochem. - 2018. - Vol. 542. - P. 34-39.

Osumi H., Shinozaki E., Takeda Y et al. Clinical relevance of circulating tumor DNA assessed through deep sequencing in patients with metastatic colorectal cancer // Cancer Med. - 2019. - Vol. 8. - № 1. - P. 408-417.

Parpart-Li S., Bartlett B., Popoli M. et al. The Effect of Preservative and Temperature on the Analysis of Circulating Tumor DNA // Clin Cancer Res. - 2017. - Vol. 23. - P 2471-2477.

Parsons H.A., Rhoades J., Reed S.C. et al. Sensitive Detection of Minimal Residual Disease in Patients Treated for Early-Stage Breast Cancer // Clin Cancer Res. - 2020.

Reece M., Saluja H., Hollington P. et al. The Use of Circulating Tumor DNA to Monitor and Predict Response to Treatment in Colorectal Cancer // Front Genet. - 2019. - Vol. 10. - P. 1118.

Siravegna G., Mussolin B., Buscarino M. et al. Clonal evolution and resistance to EGFR blockade in the blood of colorectal cancer patients // Nat Med. - 2015. - Vol. 21. - P. 795-801.

Sorber L, Zwaenepoel K, Jacobs J, et al. Circulating Cell-Free DNA and RNA Analysis as Liquid Biopsy: Optimal Centrifugation Protocol // Cancers (Basel). - 2019. - Vol. 11. - № 4. - P. 458.

Spindler K.L., Pallisgaard N., Appelt A.L. et al. Clinical utility of KRAS status in circulating plasma DNA compared to archival tumour tissue from patients with metastatic colorectal cancer treated with anti epidermal growth factor receptor therapy // Eur J Cancer. - 2015. - Vol. 51. - P. 2678-2685.

Tth K., Patai.V., Kalmr A. et al. Circadian Rhythm of Methylated Septin 9, Cell-Free DNA Amount and Tumor Markers in Colorectal Cancer Patients // Pathol Oncol Res. - 2017. - Vol. 23. - P. 699-706.

Tug S., Tross A.K., Hegen P. et al. Acute effects of strength exercises and effects of regular strength training on cell free DNA concentrations in blood plasma // PLoS One. - 2017. - Vol. 12. - № 9. - P. e0184668.

Vall e A., Marcq M., Bizieux A. et al. Plasma is a better source of tumor-derived circulating cell-free DNA than serum for the detection of EGFR alterations in lung tumor patients // Lung Cancer. - 2013. - Vol. 82. - P 373-374.

van Ginkel J.H., van den Broek D.A., van Kuik J. et al. Preanalytical blood sample workup for cell-free DNA analysis using Droplet Digital PCR for future molecular cancer diagnostics // Cancer Med. - 2017. - Vol. 6. - № 10. - P 2297-2307.

Vidal J., Muinelo L., Dalmases A. et al. Plasma ctDNA RAS mutation analysis for the diagnosis and treatment monitoring of metastatic colorectal cancer patients // Ann Oncol. - 2017. - Vol. 28. - P 1325 1332.

Vrabel D., Sedlarikova L., Besse L. et al. Dynamics of tumor-specific cfDNA in response to therapy in multiple myeloma patients // Eur J Haematol. - 2020. - Vol. 104. - № 3. - P 190-197.

Wu X., Li J., Gassa A., Buchner D. et al. Circulating tumor DNA as an emerging liquid biopsy biomarker for early diagnosis and therapeutic monitoring in hepatocellular carcinoma // Int J Biol Sci. - 2020. - Vol. 16. - № 9. - P. 1551-1562.

Xie W., Xie L., Song X. The diagnostic accuracy of circulating free DNA for the detection of KRAS mutation status in colorectal cancer: A meta-analysis // Cancer Med. - 2019. - Vol. 8. - № 3. - P 1218-1231.

Yi X., Ma J., Guan Y et al. The feasibility of using mutation detection in ctDNA to assess tumor dynamics // Int J Cancer. - 2017. - Vol. 140. - № 12. - P 2642-2647.

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

© АННМО «Вопросы онкологии», Copyright (c) 2020

Most read articles by the same author(s)

1 2 > >>